Um ex-marinheiro com um inflexível senso de conduta, o Diretor Assistente Walter Skinner, da Agência do FBI, tem às vezes pouca paciência com os métodos de investigação não ortodoxos de Mulder. Mais de uma vez ele advertiu Mulder e Scully que as investigações deles estavam cruzando um território perigoso.Ele também foi forçado a fechar os Arquivos X, mas decidiu os reabrir com sua própria autorização.
Skinner parece estar apegado entre dois programas de trabalho: os agentes Mulder e Scully de um lado e o Canceroso no outro. Visitas freqüentes deste último retratavam Skinner como mais um colaborador do Sindicato, mas os esforços dele em nome de Mulder e Scully " por canais não oficiais" mostraram claramente a preocupação dele com os agentes e o seu trabalho. Pórem, Krycek provou que o Diretor Assistente nunca poderá se desvincular daqueles que possuem o poder. O ex-agente possui o controle do mecanismo que pode aumentar a quantia dos robôs de nanotecnologia no fluxo de sangue de Skinner sendo, deste modo, capaz de matá-lo. Apesar das teorias de vida extraterrestre de Mulder nunca lhe terem convencido completamente, Skinner é surpreendido por uma forte luz no céu e testemunha a abdução de Mulder em "Réquiem " (7x22). Cheio de emoção, ele relembra os eventos depois para Scully. " Eu serei perguntado sobre o que eu vi, " ele diz. "E o que eu vi que eu não posso negar. E eu não vou."
